TY - JOUR AU - Taubenberger, J. K. AU - Morens, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - 1918 Influenza: the mother of all pandemics JO - Emerging Infectious Diseases VL - 12 UR - https://doi.org/10.3201/eid1209.05-0979 DO - 10.3201/eid1209.05-0979 ID - Taubenberger2006 ER - TY - JOUR AU - Simonsen, L. AU - Clarke, M. J. AU - Schonberger, L. B. AU - Arden, N. H. AU - Cox, N. J. AU - Fakuda, K. PY - 1998 DA - 1998// TI - Pandemic versus epidemic mortality: a pattern of changing age distribution JO - Journal of Infectious Diseases VL - 178 UR - https://doi.org/10.1086/515616 DO - 10.1086/515616 ID - Simonsen1998 ER - TY - JOUR AU - Olsen, B. AU - Munster, V. J. AU - Wallensten, A. AU - Waldenstrom, J. AU - Osterhaus, A. D. M. E. AU - Fouchier, R. A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Global patterns of influenza A virus in wild birds JO - Science VL - 312 UR - https://doi.org/10.1126/science.1122438 DO - 10.1126/science.1122438 ID - Olsen2006 ER - TY - JOUR AU - Barber, M. R. AU - Aldridge, J. R. AU - Webster, R. G. AU - Magor, K. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Association of RIG-I with innate immunity of ducks to influenza JO - PNAS VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1001755107 DO - 10.1073/pnas.1001755107 ID - Barber2010 ER - TY - JOUR AU - Webster, R. G. AU - Bean, W. J. AU - Gorman, O. T. AU - Chambers, T. M. AU - Kawaoka, Y. PY - 1992 DA - 1992// TI - Evolution and ecology of influenza A viruses JO - Microbiol Rev VL - 56 ID - Webster1992 ER - TY - JOUR AU - Kendal, A. P. AU - Noble, G. R. AU - Skehel, J. J. AU - Dowdle, W. R. PY - 1978 DA - 1978// TI - Antigenic similarity of influenza A (H1N1) viruses from epidemics in 1977–1978 to “Scandinavian” strains isolated in epidemics of 1950–1951 JO - Virology VL - 89 UR - https://doi.org/10.1016/0042-6822(78)90207-6 DO - 10.1016/0042-6822(78)90207-6 ID - Kendal1978 ER - TY - JOUR AU - Nakajima, K. AU - Desselberger, U. AU - Palese, P. PY - 1978 DA - 1978// TI - Recent human influenza A (HINl) viruses are closely related genetically to strains isolated in 1950 JO - Nature VL - 274 UR - https://doi.org/10.1038/274334a0 DO - 10.1038/274334a0 ID - Nakajima1978 ER - TY - JOUR AU - Kedwaii, A. AU - Christman, M. C. AU - Xu, J. AU - Donis, R. O. AU - Lu, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pandemic (H1N1) 2009 virus revisited: an evolutionary retrospective JO - Infect Genet Evol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.meegid.2011.02.021 DO - 10.1016/j.meegid.2011.02.021 ID - Kedwaii2011 ER - TY - JOUR AU - Duarte, E. AU - Clarke, D. AU - Moya, A. AU - Domingo, D. AU - Holland, J. PY - 1992 DA - 1992// TI - Rapid fitness losses in mammalian RNA virus clones due to Muller's ratchet JO - PNAS VL - 89 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.89.13.6015 DO - 10.1073/pnas.89.13.6015 ID - Duarte1992 ER - TY - JOUR AU - Drake, J. W. PY - 1993 DA - 1993// TI - Rates of spontaneous mutation among RNA viruses JO - PNAS VL - 90 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.90.9.4171 DO - 10.1073/pnas.90.9.4171 ID - Drake1993 ER - TY - JOUR AU - Sanjuan, R. AU - Cuevas, J. M. AU - Furio, V. AU - Holmes, E. C. AU - Moya, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Selection for robustness in mutagenized RNA viruses JO - PLOS Genetics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030093 DO - 10.1371/journal.pgen.0030093 ID - Sanjuan2007 ER - TY - JOUR AU - Martin, G. AU - Gandon, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Lethal mutagenesis and evolutionary epidemiology JO - Phil Trans R Soc B VL - 365 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2010.0058 DO - 10.1098/rstb.2010.0058 ID - Martin2010 ER - TY - STD TI - Brewer WH, Smith FD: Information loss: potential for accelerating natural genetic attenuation of RNA viruses. In press ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - De La Pena, M. AU - Santiago, E. F. AU - Moya, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Effect of deleterious mutation-accumulation on the fitness of RNA bacteriophage MS2 JO - Evolution VL - 54 UR - https://doi.org/10.1554/0014-3820(2000)054[0686:EODMAO]2.0.CO;2 DO - 10.1554/0014-3820(2000)054[0686:EODMAO]2.0.CO;2 ID - De La Pena2000 ER - TY - JOUR AU - Iglesia, F. AU - Elena, S. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Fitness declines in tobacco etch virus upon serial bottleneck transfers JO - J Virology VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02528-06 DO - 10.1128/JVI.02528-06 ID - Iglesia2007 ER - TY - JOUR AU - Loeb, L. A. AU - Essigmann, J. M. AU - Kazazi, F. AU - Zhang, J. AU - Rose, K. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Lethal mutagenesis of HIV with mutagenic nucleoside analogs JO - PNAS VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.4.1492 DO - 10.1073/pnas.96.4.1492 ID - Loeb1999 ER - TY - JOUR AU - Yuste, E. AU - Sánchez-Palomino, S. AU - Casado, C. AU - Domingo, E. AU - López-Galíndez, C. PY - 1999 DA - 1999// TI - Drastic fitness loss in human immunodeficiency virus Type 1 upon serial bottleneck events JO - J Virology VL - 73 ID - Yuste1999 ER - TY - JOUR AU - Yuste, E. AU - López-Galíndez, C. AU - Domingo, E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Unusual distribution of mutations associated with serial bottleneck passages of Human Immunodeficiency Virus Type 1 JO - J Virology VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.20.9546-9552.2000 DO - 10.1128/JVI.74.20.9546-9552.2000 ID - Yuste2000 ER - TY - JOUR AU - Smith, R. A. AU - Loeb, L. A. AU - Preston, B. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Lethal mutagenesis of HIV JO - Virus Res VL - 107 UR - https://doi.org/10.1016/j.virusres.2004.11.011 DO - 10.1016/j.virusres.2004.11.011 ID - Smith2005 ER - TY - JOUR AU - Steel, A. AU - Gubler, D. J. AU - Bennett, S. N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Natural attenuation of dengue virus type-2 after a series of island outbreaks: a retrospective phylogenetic study of events in the South Pacific three decades ago JO - Virology VL - 405 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2010.05.033 DO - 10.1016/j.virol.2010.05.033 ID - Steel2010 ER - TY - JOUR AU - Bowen, E. T. W. AU - Platt, G. S. AU - Lloyd, G. AU - Raymond, R. T. AU - Simpson, D. I. H. PY - 1980 DA - 1980// TI - A comparative study of strains of Ebola virus isolated from Sudan and northern Zaire in 1976 JO - J Med Virol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1002/jmv.1890060205 DO - 10.1002/jmv.1890060205 ID - Bowen1980 ER - TY - JOUR AU - Holmes-Maybank, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - An Overview of Ebola JO - SCJMM VL - 1 ID - Holmes-Maybank2004 ER - TY - JOUR AU - Lai, M. M. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - SARS Virus: the beginning of the unraveling of a new coronavirus JO - J Biomed Sci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/BF02256318 DO - 10.1007/BF02256318 ID - Lai2003 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of the SARS epidemic in China JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1092002 DO - 10.1126/science.1092002 ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Crotty, S. AU - Cameron, C. E. AU - Andino, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - RNA virus error catastrophe: direct molecular test by using ribavirin JO - PNAS VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.111085598 DO - 10.1073/pnas.111085598 ID - Crotty2001 ER - TY - JOUR AU - Crotty, S. AU - Andino, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Implications of high RNA virus mutation rates: lethal mutagenesis and the antiviral drug ribavirin JO - Microbes and Infection VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S1286-4579(02)00008-4 DO - 10.1016/S1286-4579(02)00008-4 ID - Crotty2002 ER - TY - JOUR AU - Crotty, S. AU - Cameron, C. E. AU - Andino, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Ribavirin’s antiviral mechanism of action: lethal mutagenesis? JO - J Mol Med VL - 80 UR - https://doi.org/10.1007/s00109-001-0308-0 DO - 10.1007/s00109-001-0308-0 ID - Crotty2002 ER - TY - JOUR AU - Domingo, E. AU - Ruiz-Jarabo, C. M. AU - Sierra, S. AU - Arias, A. AU - Pariente, N. AU - Baranowski, E. AU - Escarmis, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Emergence and selection of RNA virus variants: memory and extinction JO - Virus Res VL - 82 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-1702(01)00385-9 DO - 10.1016/S0168-1702(01)00385-9 ID - Domingo2002 ER - TY - JOUR AU - Sanjuan, R. AU - Moya, A. AU - Santiago, E. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - The distribution of fitness effects caused by single-nucleotide substitutions in an RNA virus JO - PNAS VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400146101 DO - 10.1073/pnas.0400146101 ID - Sanjuan2004 ER - TY - JOUR AU - Grande-Perez, A. AU - Lázaro, E. AU - Lowenstein, P. AU - Domingo, E. AU - Manrubia, S. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Suppression of viral infectivity through lethal defection JO - PNAS VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0408871102 DO - 10.1073/pnas.0408871102 ID - Grande-Perez2005 ER - TY - JOUR AU - Fanning, T. G. AU - Slemons, R. D. AU - Reid, A. H. AU - Janczewski, T. A. AU - Dean, J. AU - Taubenberger, J. K. PY - 2002 DA - 2002// TI - 1917 Avian influenza virus sequences suggest that the 1918 pandemic virus did not acquire its hemagglutinin directly from birds JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.15.7860-7862.2002 DO - 10.1128/JVI.76.15.7860-7862.2002 ID - Fanning2002 ER - TY - JOUR AU - Nelson, M. I. AU - Viboud, C. AU - Simonsen, L. AU - Bennett, R. T. AU - Griesemer, S. B. AU - St George, K. AU - Taylor, J. AU - Spiro, D. J. AU - Sengamalay, N. A. AU - Ghedin, E. AU - Taubenberger, J. K. AU - Holmes, E. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Multiple reassortment events in the evolutionary history of H1N1 influenza a virus since 1918 JO - PLoS Pathog VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000012 DO - 10.1371/journal.ppat.1000012 ID - Nelson2008 ER - TY - JOUR AU - Bedford, T. AU - Cobey, S. AU - Beerli, P. AU - Pascual, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Global migration dynamics underlie evolution and persistence of human influenza a (H3N2) JO - PLoS Pathogens VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000918 DO - 10.1371/journal.ppat.1000918 ID - Bedford2010 ER - TY - JOUR AU - Christman, M. C. AU - Kedwaii, A. AU - Jianpeng, X. AU - Donis, R. O. AU - Guoqing, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pandemic (H1N1) 2009 virus revisited: an evolutionary retrospective JO - Infect Genet Evol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.meegid.2011.02.021 DO - 10.1016/j.meegid.2011.02.021 ID - Christman2011 ER - TY - JOUR AU - Qu, Y. AU - Zhang, R. AU - Cui, P. AU - Song, G. AU - Duan, Z. AU - Lei, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evolutionary genomics of the pandemic 2009 H1N1 influenza viruses (pH1N 1v) JO - Virol J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-8-250 DO - 10.1186/1743-422X-8-250 ID - Qu2011 ER - TY - JOUR AU - Fitch, W. M. AU - Leiter, J. M. AU - LI, X. Q. AU - Palese, P. PY - 1991 DA - 1991// TI - Positive Darwinian evolution in human influenza A viruses JO - PNAS VL - 88 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.88.10.4270 DO - 10.1073/pnas.88.10.4270 ID - Fitch1991 ER - TY - JOUR AU - Bush, R. M. AU - Fitch, W. M. AU - Bender, C. A. AU - Cox, N. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Positive selection on the H3 hemagglutinin gene of human influenza virus A JO - Mol. Biol. Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026057 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026057 ID - Bush1999 ER - TY - JOUR AU - Bush, R. M. AU - Bender, C. A. AU - Subbarao, K. AU - Cox, N. J. AU - Fitch, W. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Predicting the evolution of human influenza A JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5446.1921 DO - 10.1126/science.286.5446.1921 ID - Bush1999 ER - TY - JOUR AU - Ferguson, N. M. AU - Galvani, A. P. AU - Bush, R. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Ecological and immunological determinants of influenza evolution JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01509 DO - 10.1038/nature01509 ID - Ferguson2003 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Natural selection on the influenza virus genome JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl050 DO - 10.1093/molbev/msl050 ID - Suzuki2006 ER - TY - JOUR AU - Bhatt, S. AU - Holmes, E. C. AU - Pybus, O. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - The genomic rate of molecular adaptation of the human influenza a virus JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr044 DO - 10.1093/molbev/msr044 ID - Bhatt2011 ER - TY - JOUR AU - Ito, K. AU - Igarashi, M. AU - Miyazaki, Y. AU - Murakami, T. AU - Iida, S. AU - Kida, H. AU - Takada, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Gnarled-trunk evolutionary model of influenza a virus hemagglutinin JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0025953 DO - 10.1371/journal.pone.0025953 ID - Ito2011 ER - TY - JOUR AU - Buonagurio, D. A. AU - Nakada, S. AU - Parvin, J. D. AU - Krystal, M. AU - Palese, P. AU - Fitch, W. M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Evolution of human influenza a viruses over 50 years: rapid, uniform rate of change in NS gene JO - Science VL - 232 UR - https://doi.org/10.1126/science.2939560 DO - 10.1126/science.2939560 ID - Buonagurio1986 ER - TY - JOUR AU - Carter, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mitochondrial diversity within modern human populations JO - Nuc Ac Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm207 DO - 10.1093/nar/gkm207 ID - Carter2007 ER - TY - STD TI - Influenza Research Database.http://www.fludb.org, UR - http://www.fludb.org ID - ref45 ER - TY - STD TI - FluGenome.org:http://www.FluGenome.org, UR - http://www.FluGenome.org ID - ref46 ER - TY - STD TI - GenBank:http://www.ncbi.nih.gov, UR - http://www.ncbi.nih.gov ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Stajich, J. E. AU - Block, D. AU - Boulez, K. AU - Brenner, S. E. AU - Chervitz, S. A. AU - Dagdigian, C. AU - Fuellen, G. AU - Gilbert, J. G. R. AU - Korf, I. AU - Lapp, H. AU - Lehväslaiho, H. AU - Matsalla, C. AU - Mungall, C. J. AU - Osborne, B. I. AU - Pocock, M. R. AU - Schattner, P. AU - Senger, M. AU - Stein, L. D. AU - Stupka, E. AU - Wilkinson, M. D. AU - Birney, E. PY - 2002 DA - 2002// TI - The bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.361602 DO - 10.1101/gr.361602 ID - Stajich2002 ER - TY - JOUR AU - Hall, T. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT JO - Nucleic Acids Symp Ser VL - 41 ID - Hall1999 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Mamlouk, A. M. AU - Martinetz, T. AU - Chang, S. AU - Wang, J. AU - Hilgenfeld, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - PhyloMap: an algorithm for visualizing relationships of large sequence data sets and its application to the influenza A virus genome JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-248 DO - 10.1186/1471-2105-12-248 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Anhlan, D. AU - Grundmann, N. AU - Makalowski, W. AU - Ludwig, S. AU - Scholtissek, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Origin of the 1918 pandemic H1N1 influenza A virus as studied by codon usage patterns and phylogenetic analysis JO - RNA VL - 17 UR - https://doi.org/10.1261/rna.2395211 DO - 10.1261/rna.2395211 ID - Anhlan2011 ER - TY - STD TI - Codon Usage Datebase.http://www.kazusa.or.jp/codon, UR - http://www.kazusa.or.jp/codon ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Palese, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Influenza: old and new threats JO - Nat Med VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nm1141 DO - 10.1038/nm1141 ID - Palese2004 ER - TY - JOUR AU - Donaldson, L. J. AU - Rutter, P. D. AU - Ellis, B. M. AU - Greaves, F. E. C. AU - Mytton, O. T. AU - Pebody, R. G. AU - Yardley, I. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mortality from pandemic A/H1N1 2009 influenza in England: public health surveillance study JO - BMJ VL - 339 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.b5213 DO - 10.1136/bmj.b5213 ID - Donaldson2009 ER - TY - JOUR AU - LI, T. AU - Fu, C. AU - DI, B. AU - Wu, J. AU - Yang, Z. AU - Wang, Y. AU - LI, M. AU - Lu, J. AU - Chen, Y. AU - Lu, E. AU - Geng, J. AU - Hu, W. AU - Dong, Z. AU - LI, M. -. f. AU - Zheng, B. -. J. AU - Cao, K. -. y. AU - Wang, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A Two-year surveillance of 2009 pandemic influenza a (H1N1) in Guangzhou, China: from pandemic to seasonal influenza? JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028027 DO - 10.1371/journal.pone.0028027 ID - LI2011 ER - TY - JOUR AU - Presanis, A. M. AU - Pebody, R. G. AU - Paterson, B. J. AU - Tom, B. D. M. AU - Birrell, P. J. AU - Charlett, A. AU - Lipsitch, M. AU - De Angelis, D. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Changes in severity of 2009 pandemic A/H1N1 influenza in England: a Bayesian evidence synthesis JO - BMJ VL - 343 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.d5408 DO - 10.1136/bmj.d5408 ID - Presanis2011 ER - TY - JOUR AU - Gorman, O. T. AU - Donis, R. O. AU - Kawaoka, Y. AU - Webster, R. G. PY - 1990 DA - 1990// TI - Evolution of influenza A virus PB2 genes: implications for evolution of the ribonucleoprotein complex and origin of human influenza A virus JO - J Virol VL - 64 ID - Gorman1990 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. AU - Calvo, P. A. AU - Malide, D. AU - Gibbs, J. AU - Schubert, U. AU - Bacik, I. AU - Basta, S. AU - O'Neill, R. AU - Schickli, J. AU - Palese, P. AU - Henklein, P. AU - Bennink, J. R. AU - Yewdell, J. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - A novel influenza A virus mitochondrial protein that induces cell death JO - Nat Med VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nm1201-1306 DO - 10.1038/nm1201-1306 ID - Chen2001 ER - TY - JOUR AU - Coleman, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The PB1-F2 protein of Influenza A virus, increasing pathogenicity by disrupting alveolar macrophages JO - Virology J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-4-9 DO - 10.1186/1743-422X-4-9 ID - Coleman2007 ER - TY - BOOK AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular Evolution and Phylogenetics PB - Oxford University Press CY - New York ID - Nei2000 ER - TY - JOUR AU - Greninger, A. L. AU - Chen, E. C. AU - Sittler, T. AU - Scheinerman, A. AU - Roubinian, N. AU - Yu, G. AU - Kim, E. AU - Pillai, D. R. AU - Guyard, C. AU - Mazzulli, T. AU - Isa, P. AU - Arias, C. F. AU - Hackett, J. AU - Schochetman, G. AU - Miller, S. AU - Tang, P. AU - Chiu, C. Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - A metagenomic analysis of pandemic influenza a (2009 H1N1) infection in patients from North America JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0013381 DO - 10.1371/journal.pone.0013381 ID - Greninger2010 ER - TY - JOUR AU - Levine, M. AU - Sheu, T. G. AU - Gubareva, L. V. AU - Mishin, V. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Detection of hemagglutinin variants of the pandemic influenza a (H1N1) 2009 virus by pyrosequencing JO - J Clin Microbiol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02424-10 DO - 10.1128/JCM.02424-10 ID - Levine2011 ER - TY - JOUR AU - Dushoff, J. AU - Plotkin, J. B. AU - Viboud, C. AU - Earn, D. J. D. AU - Simonsen, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mortality due to influenza in the United States—an annualized regression approach using multiple-cause mortality data JO - Am J Epidemiol VL - 163 UR - https://doi.org/10.1093/aje/kwj024 DO - 10.1093/aje/kwj024 ID - Dushoff2006 ER - TY - JOUR AU - Xia, X. PY - 1996 DA - 1996// TI - Maximizing transcription efficiency causes codon usage bias JO - Genetics VL - 144 ID - Xia1996 ER - TY - JOUR AU - LI, G. -. W. AU - Oh, E. AU - Weissman, J. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - The anti-Shine–Dalgarno sequence drives translational pausing and codon choice in bacteria JO - Nature VL - 484 UR - https://doi.org/10.1038/nature10965 DO - 10.1038/nature10965 ID - LI2012 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Bao, L. AU - Zhou, J. AU - Wang, D. AU - Deng, W. AU - Lv, Q. AU - Ma, Y. AU - LI, F. AU - Sun, H. AU - Zhan, L. AU - Zhu, H. AU - Ma, C. AU - Shu, Y. AU - Qin, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genomic polymorphism of the pandemic a (H1N1) influenza viruses correlates with viral replication, virulence, and pathogenicity in vitro and in vivo JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020698 DO - 10.1371/journal.pone.0020698 ID - Xu2011 ER - TY - JOUR AU - Pybus, O. G. AU - Rambaut, A. AU - Belshaw, R. AU - Freckleton, R. P. AU - Drummond, A. J. AU - Holmes, E. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylogenetic evidence for deleterious mutation load in RNA viruses and its contribution to viral evolution JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm001 DO - 10.1093/molbev/msm001 ID - Pybus2007 ER - TY - JOUR AU - Elena, S. F. AU - Sanjuán, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Adaptive value of high mutation rates of RNA viruses: separating causes from consequences JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.18.11555-11558.2005 DO - 10.1128/JVI.79.18.11555-11558.2005 ID - Elena2005 ER - TY - JOUR AU - Reid, A. H. AU - Taubenberger, J. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - The origin of the 1918 pandemic influenza virus: a continuing enigma JO - J General Virology VL - 84 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.19302-0 DO - 10.1099/vir.0.19302-0 ID - Reid2003 ER -